新生儿腹泻的病因可以分为感染性、非感染性，其中感染性因素，肠道感染可由病毒、细菌、真菌、寄生虫引起，以病毒、细菌是比较多见，尤其是病毒感染。

非感性的因素，第一是饮食因素，有些小宝宝喂养不当可引起腹泻;另外，奶制品过敏也可以引起腹泻，还有就是原发性和继发性的双糖酶缺乏或活性的降低，也可引起腹泻;另外就是气候因素，气候突然变化或者受凉，使肠蠕动增加，天气过热，消化酶分泌减少，或由于口渴吃奶过多等，都可能诱发消化功能紊乱导致腹泻。

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